Metode čišćenja strojeva za bušotine uglavnom uključuju fizičko ispiranje, mehaničko jaružanje i pneumatski udar. Temeljni princip je uklanjanje sedimenta, mulja i biofilma sa stijenki i dna bušotine korištenjem fizičke sile.
Metoda usisavanja klipom: Posebno dizajnirani klip brzo se kreće gore-dolje unutar kućišta bunara, stvarajući jaku razliku tlaka vode za izvlačenje sedimenta. Ova metoda je prikladna za srednje do duboke bunare, učinkovito razbija sloj mulja na stijenkama bunara i čisti vodonosnik.
-Ispiranje vodenim pištoljem pod visokim{1}} pritiskom: korištenje protoka vode pod visokim- pritiskom od 6–8 MPa za izravno ispiranje stijenki bunara, prikladno za plitke bunare (oko 20 metara) za uklanjanje mulja i naslaga. Može se koristiti u kombinaciji s potopnom pumpom za cirkulacijsko ispiranje dok voda ne postane bistra.
Ispiranje zračnog kompresora (ispiranje bunara komprimiranim zrakom): protok zraka pod visokim{0}}tlakom trenutačno izbacuje stupac vode iz kućišta bunara, koristeći silu povratnog trzaja za odnošenje nečistoća. Posebno učinkovit za duboke bunare preko 30 metara. Ova metoda temeljito remeti sediment unutar bušotine, poboljšavajući učinkovitost čišćenja.
Metoda mehaničkog ribanja: Ova metoda koristi glavu mehaničke četke ili strugač za rotiranje i ribanje duž stijenke bunara kako bi se uklonio kamenac, bakterije željeza i biofilm. Za duboke bunare, za rad se mogu koristiti uređaji za daljinsko upravljanje ili--alati za čišćenje niza (kao što su mjerači bunara, brusni noževi itd.).
